Con otro programa auxiliar, justo antes de que cierre la aplicación, arrancas con winexec por ejemplo, otra auxiliar. Esta se encarga de corroborar que este cerrada la aplicación principal y luego la vuelve a abrir.
Este es un ejemplo, estudialo
Código Delphi
[-]program Bypass;
{$APPTYPE CONSOLE}
uses Windows;
Var
Ventana: HWND;
Begin
Repeat
Ventana:= FindWindow(nil, PChar('Mi aplicación principal'));
Until Ventana = 0;
WinExec(PChar('aplicación.exe'), SW_HIDE);
End.