[JCarlosas]

Ok, Gracias.
Reformulo mi problema despues de analisis mas detallado.
No es que deja de insertar sino que se vuelve extremadamente lento.
Intentando insertar unas 48 000 registros despues de una hora tuve que tumbar el proceso pues no habia terminado.
Sin embargo borrandole por detras los registros que el iba insertando (como describi al inicio) se demora solamente 6 minutos.

Para que se tenga una mejor idea, la velocidad de insercion al inicio esta por encima de 250 registros por segundos, sin embargo cuando ya se han insertado unos 32000 registros en la tabla la velocidad de insercion cae por debajo de 5 registro por segundo.
Ah, y estoy usando un P-IV a 2.6Giga y 512 MB de Ram

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Bueno finalmente encotre la causa del problema.
Dentro de mi procedimiento de insercion cada cierto tiempo y bajo determinadas condiciones realizaba una actualizacion de otro campo. Dicho campo no lo tenia indexado y segun se iba llenando la BD se hacia mucho mas lento el update.
Es increble lo que puede hacer la falta de un indice.

David muchas gracias por tu comentario pues me sirvio para buscar por otra parte y no achacarle toda la culpa a MySql