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Además de lo que dice Román, la licencia de MySQL NO te permite distribuirlo junto con tu aplicación de ninguna manera a menos que tu aplicación sea open source (lo cual no creo). La opción embedded ya no está disponible en la versión "community" de MySQL sino solo en la comercial.
En todo caso tu aplicación debe poder configurarse para acceder a un servidor el cual se le pueda especificar mediante un ini o algo similar. Y una vez conectado proceder a la creación de las bases de datos y tablas que va a utilizar por lo que uno de los requisitos para quien compre tu programa sería contar con un servidor MySQL configurado y corriendo así como crear el usuario que tu indiques para que se conecte tu programa.
Si no quieres estar sujeto a esta limitante de la licencia de MySQL entonces opta por Firebird el cual meparece que no la tiene.
Yo resuelvo este detalle de forma simple con mis clientes: Por un lado facturo mi sistema únicamente con lo cual mi cliente obtiene licencia para utilizarlo. Y por el otro lado facturo la asesoría o servicio de instalación del mencionado servidor así como la configuración del mismo, todo esto en sus propias instalaciones e incluso descargando el software en sus propios equipos. De esta forma mi cliente tiene 2 licencias, la de mi software y la de MySQL, éste último por supuesto lo podrá utilizar para muchos otros fines si así lo quiere.
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