Hola.
Os dejo
este post de un foro de Velneo desde el que se puede descargar un programita en Java con el que desde linea de comandos se puede firmar un documento. Aunque ya sé que lo más elegante es implementar un componente y hacerlo desde el mismo programa, con esto se puede hacer una llamada con el nombre del fichero entrante y saliente y funciona bastante bien.
Saludos