Primero disculparme por no haber leido bien la pregunta y no darme cuenta de que necesitabas también una ocurrencia para cada registro repetido. Segundo seguir discupandome, esta vez por la omisión del tag sql y por haber escrito prueva en lugar de prueba, cuando quise editar para corregir ya no era posible.
Ahora la aportación que igual te sirve. Puede que con esta consulta obtengas lo que necesites con la velocidad que te gustaría:
Código SQL
[-]
SELECT t1.*
FROM tabla AS t1
LEFT OUTER JOIN tabla AS t2
ON t1.referencia = t2.referencia
AND t1.id < t2.id
WHERE t2.referencia IS NULL