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Lo del md5 no tiene ciencia. Es sólo un algoritmo que asocia a cada archivo (de hecho a una secuencia de bytes) una cadena de caracteres. Las probabilidades de que dos archivos distintos tengan el mismo md5 son ínfimas y por ello es bastante confiable para comparar dos versiones de un archivo.
Una razón que vimos en ese entonces para usar el md5 en lugar la versión interna del ejecutable es que de esta forma puedes usar el mismo método para actualizar otro tipo de archivos que requiera tu aplicación: un archivo de ayuda, un documento de word, una base de datos, etc.
El cómo obtienes el md5 no es algo que deba preocuparte. En lo que manda el compañero seoane ya se incluyen rutinas para calcularlo. Vamos, que no tienes tú que implementar el algoritmo.
Ahora, lo de reiniciar tu aplicación una vez actualizada toma en cuenta que un programa no puede inicarse el sólo, siempre es algo más quien lo inicia. Por eso es importante que releas el mensaje de Yosuun en este mismo hilo.
// Saludos
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