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En mi humilde opinión, lo mejor es que instales los 2 sistemas por separado y así utilizar los recursos al 100%, el uso de sistemas virtuales como VMWare requieren también del proceso de arranque del sistema y también la reserva de espacio en disco duro, en caso de Wine, no hay que confundirlo con un emulador, ya que implicaría también el imitar el funcionamiento del kernel de windows, es solamente un "clon" de la API de Windows escrita por medio de ingeniería inversa y al no haber documentación por parte de Microsoft es lógico que muchos programas no funcionen correctamente, puedes incluso realizar programas nativos para Linux enlazando a estas librerías, como ejemplo están Kylix y MusicMatch.
Te recomendaría usar estos programas en casos extremos, por ejemplo, hace tiempo me vi obligado a usarlo debido a una antigua impresora que solo existían drivers para Windows 98, y por desgracia este sistema no soporta multiproceso (HT/Dual Core).
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