Hola.
Yo entiendo que una modificación registral es que en la factura enviada hay cosas que se han informado mal (Cliente, bases imponibles, Datos Registrales, etcc), es decir la factura ya esta aceptada en el sistema y hay que volverla a enviar, o la factura ha sido aceptada con avisos que hay que corregir. PAra eso se utiliza la clave A1 o A2 en el tipo de comunicación. Logicamente te devuelve un CSV nuevo por que es un envío nuevo y cada envio devuelve un csv nuevo y tendras uno para el primer envío y otro para el segundo.
Es mas en la información pone que se puede modificar una factura que se envío y luego se dio de baja.
Una factura rectificativa es un nueva factura con su número nuevo y que rectifica una anterior. Es decir hay otro documento de factura por medio.
Como bien dices todo esto esta explicado mas o menos en la información de la aeat. Que por cierto gracias a Trump
ahora la tenemos en inglés.
Un Saludo.