Ya logré hacer que cargue la extensión con este php.ini:
Código:
extension_dir=.\
zend_extension_ts=.\ZendDebugger.dll
extension=php_mysql.dll
Es decir, parace que en el caso de las extensiones regulares, no puede indicársele la ruta completa sino que siempre nusca en el directorio extension_dir que por defecto cerá c:\php5\
Recuerda que para que funcione debes coocar tanto php_mysql.dll como libmysql.dll en el directorio donde extá php.exe (el del eclpise).
// Saludos