[Ñuño Martínez]

Comprueba "la posición Z" de tus ventanas, no vaya a ser que esté activada alguna característica como que "esté encima de las demás ventanas" o algo así. Edito: Acabo de leer un mensaje que menciona la propiedad "onTop".

También puede ser la configuración concreta de cada ordenador. No recuerdo en Windows, pero en X-window puedes configurarlo para que las nuevas aplicaciones no se superpongan sobre las que ya están activas, incluso diferenciar entre las aplicaciones que son activadas implícitamente.