Hola.
Por si te sirve de algo yo tengo hechas aplicaciones de ese estilo montando un servidor de windows en la central y las delegaciones accediendo de forma remota mediante terminal server. Con esta configuración puedes usar casi cualquier programa que funcione en red sin demasiados problemas.
Unicamente veo un escollo en tu intención de escanear documentos puesto que para poder usar el escaner local y que descargue la imagen en el servidor deberás de usar un programa que te gestione todo eso como puede ser el
TsScan.
Saludos