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Dudo que haya una aplicación que te encripte los datos almacenados en una BD específica; si la hay hace exactamente lo comentado por tí "encriptar campo por campo"
Ahora; si NO quieres que se accedan a ciertos datos que son MUY importantes DEBES encriptar los datos SI o SI para un mayor nivel de seguridad en tu sistema.
Como respuesta general a tu consulta; la solución es sencilla... que solo UN usuario pueda acceder a tu BD; la contraseña de ese usuario la definirás tu y la usará y "conocerá" solo tu aplicación.
Buscar: GRANT ALL PRIVILEGES ON BD.* .... (para darle a un usuario control de una BD)
y REVOKE PRIVILEGES (para que el ROOT pierda privilegios)
Saludos
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