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Hola Kafu y demás compañeros:
La solución propuesta por Kafu era correcta, el que esta equivocado era yo (estaba un poco distraido esta mañana), por lo tanto, haciendo la query de abajo la consulta funciona bien
select distinct(a_paciente) from table1
where a_paciente in (select a_paciente from table1 where a_pals_claves in (91,92))
and a_paciente not in (select a_paciente from table1 where a_pals_claves in (3))
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