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En una empresa en la que trabajaba se hacía algo similar a esto. En cada actualización iba incluído (en tu caso se puede descargar de Internet) los Scripts para actualizar la Base de Datos.
Es decir, cada actualización llevaba su Script.

Al actualizar se comparaba la versión actual con la nueva y se ejecutaban los Scripts necesarios entre las 2 versiones.

Si pasabas de la 1 a la 3, se ejecutaba por orden, el Scrip de la 2 y de la 3.
Quien pasaba de la 2 a la 3, sólo ejecutabla el script de la 3.

El proceso es sencillo, aunque laborioso.
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