Cambiar un control de padre, es precisamente muy fácil, sólo tienes que cambiar dicha propiedad:
Al decirle Panel1.Parent, estabas seleccionando el padre del Panel1 (que sería el Form, supongo) por eso te lo ponía por arriba.
Las propiedades Align te las repetará sin problemas.
Detalle: Una cosa es el dueño (propiedad AOwner) y otra Padre (propiedad Parent).
El dueño es decirle que cuando se destruya el Panel1, también mande a destruir el pnl creado en ejecución.
El Padre es decirle sobre qué control quieres que se situe.
Saludos