Prueba renombrando tu archivo a "prueba.php". Si funciona lo más probable es que el archivo de configuración de Apache (httpd.conf) no especifique la extensión .php3 para lo cual bastará añadir la línea
Addtype application/x-httpd-php .php3
junto a las otras líneas "AddType".
De cualquier forma te recomiendo que revises
este artículo en donde explica cómo instalar Apache, MySql y PHP. Dice que es para Windows 98 pero me ha funcionado para Windows 2000.
// Saludos