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Buenas noches, gracias por contestar.

En cuanto al código de prueba para cargar los archivos en el listbox, curiosamente si carga los .dll pero no el archivo que necesito. Estoy por revisar los permisos o propietario del archivo ya que como lo pasaron, es probable que el usuario propietario no tenga permisos sobre la carpeta del system32. Estoy intentando crear ese mismo archivo (con el mismo nombre) con el usuario que corre la aplicación. Antes de crearlo le otorgaré permisos al usuario con el que estoy probando.

Pregunto:

1- ¿Si deshabilitas el antivirus Avira la función FileExists de Delphi funciona correctamente en Windows\System32?.

Fue lo primero que intenté pero siguió sin funcionar. Efectivamente pensé que algo estaba bloqueando o había cambiando permisos de acceso a la carpeta. Lo di de baja y no se resolvió.

2- ¿Después del problema con el antivirus Avast y antes de instalar Avira se presentaba el problema señalado?.

Esto no lo pude validar ya que me empezó a detectar que el programa con el que probaba tenía virus, me enfoqué a quitar los virus, incluyendo la desinstalación de Avast y la instalación del Avira. Lo que si estoy seguro es que antes de los problemas de virus funcionaba perfectamente. Pero cuando me pasaron el archivo "infectado" con el Win32 / Alaman, no pude abrirlo más ya que el Avast me lo enviaba a cuarentena.

3- ¿El problema solo ocurre después de instalar Avira?.

Aparentemente así es, el Avira detectó nuevamente los virus y limpié archivos. Posteriormente con los archivos des-infectados probé y ya no pude ver más el archivo del system32. Revisé permisos en carpeta y archivos y aparentemente no vi algún cambio.

4- ¿Hay alguna opción en Avira que permita ignorar programas o directorios específicos en su proceso de detección de amenazas?.

Tengo el Avira versión libre, he revisado la configuración y no veo ese tipo de bloqueo. De hecho porque al parecer ocurre con un solo tipo de archivo y dentro del system32. Como lo mencioné al principio, en esa misma carpeta si puede localizar y recuperar archivos de otra extensión, y también hice la prueba poniendo el archivo .dll en otra carpeta y si lo lee.