Hola
Aqui va un pequeño ejemplo de como puedes utilizar el innerHTML
Código PHP:
//-----------------------------------------
// contendio.html
//-----------------------------------------
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
<script language="JavaScript1.2" id="script"></script>
</head>
<body>
<span id="tabla"><p> </p></span> <!-- ZONA DINAMICA -->
<input type="button" value="Prueba" onclick="script.src = 'include_script_js.php';"
</body>
</html>
//------------------------------------------
//-----------------------------------------
// include_script_js.php
//-----------------------------------------
var str = "";
str += "<p>Esto se ejecuta en el servidor y puedes hacer lo que quieras</p>";
tabla.innerHTML = str;
En include_script_js.php puedes hacer lo que quieras, pero lo importante es que al final lo guardes todo como una cadena de texto "str" y se la asignes a la propiedad innerHTML de nuestra zona dinamica.