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Aquí hay que entender el concepto de factura, que no es más que un documento que certifica una venta de un bien/servicio.
Entonces, partiendo de esa base, lo que hacienda dice es: Porque estás vendiendo algo con unidades negativas? Para mi ( y para Hacienda claro ) , no tiene sentido hacer una venta con unidades negativas:
- Mira soy esta empresa X, te vendo -1 unidades de este producto.
Tiene sentido vender -1 de algo? para mi no.
Que dice hacienda?
- Oye, estás vendiendo -1 unidades, algo ha pasado verdad? Ah vale, lo haces porque el cliente no se ha quedado el material, o ha habido un error... lo que sea, pues dime a quien rectificas.
Para mi tiene todo el sentido del mundo.
Pero si, de toda la vida se han hecho facturas en negativo con normalidad ( lo que no hace que sea correcto ).

respecto al caso de espinete, siento decirte que sí es tu responsabilidad que se pueda hacer una rectificativa e indicar a quien rectificas:
"- Empresa con varias tiendas en las que un cliente puede cambiar/devolver un ticket en cualquiera de ellas. Las otras tiendas no tienen acceso al ticket original, porque está almacenado en otra tienda, así que no podrán obtener los datos de ese ticket original (firma), obligatorios para la rectificativa."
Que esas tiendas tengan bases de datos en local (y por lo tanto no tienen acceso entre ellas), es tú problema, que has provocado tú al desarrollar un software y hacer una instalación que no permite comunicación entre tiendas , y deberás resolverlo tú.
Tienes varias opciones:
- no permites devoluciones en tiendas distintas.
- haces que tu programa funcione online.
- haces que las 3 tiendas (o las que sean) se conecten a un server común donde esta tu software y la misma base de datos (cada pc con una sesión distinta). Así tenemos nosotros a algún cliente de ticketbai, cada tienda usa una serie distinta, haces sus rectificativas en la serie de rect. de la serie normal (A-RA, B-RB, C-RC), encadenamiento propio... y sin problemas.

Yo entiendo que muchas veces lo que piden desde hacienda,ticketbai, SII o plataforma que sea, no se adecua a nuestros softwares o formas de trabajar (exe generado con delphi, base de datos firebird en local...etc), pero al final eso es cosa nuestra por haber elegido este lenguaje de programación y ese sistema de gestión de base de datos.