A mi se me ocurre una forma sencilla. Si tienes un archivo de configuración (si no lo tienes, ya lo estás creando
), guarda en él la fecha y la hora del mensaje más reciente que hayas recibido. La siguiente vez que el programa realice la comprobación, que compare la fecha de los mensajes con la que hayas almacenado y que sólo marque como "no leídos" los que sean posteriores. Luego actualizas la fecha a la del último mensaje y vuelta a empezar.
Recuerda que es la fecha del mensaje lo que debes guardar, no la fecha del ordenador.