[[kayetano]]

Hola

<input type="submit" value="Enviar" onclick="checkear('.<?comprobar(no se que ponerle aquí) ?>.')">

lo primero es que no puedes poner nada en PHP (lo digo por las marcas <? ... ?>).
Lo que no tengo claro es ¿que quieres validar? osea ¿que condiciones debe cumplir tu formulario para que sea correcto?
Por lo general lo único de quebes comprobar es que se haya introducido un texto en los dos campos, esta comprobación es muy simple:

<script language="JavaScript">
	function checkear(miform){
		if (miform.usuario.value== "" || miform.clave.value=="") {
		   alert("Debes indicar un nombre de usuario y una clave");
		   return false;
		} else {
                   return true;
                }
	}
</script>
...
<input type="submit" value="Enviar" onclick="return checkear(this.form)">

Despues simplemente tienes que comprobar en tu base de datos que la clave y el usuario sean correctos.
Solo tienes que tener en cuenta un par de cosas, primero que cuides que no haya una inyección de código malicioso en los campos usuario y clave. Y segundo (solo para españa) que según la ley española de protección de datos, la contraseña debe estar encriptada (al menos es lo que tengo yo entendido), aún así siempre es aconsejable encriptar todas las claves.