Hola,
Atención, lo que puede verse a continuación es un intento, no está probado, pero, espero que dé la idea siguiente: ¿porqué no utilizar la función "sprintf" de PHP?
Código PHP:
$var_arreglo = sprinf("\n[%s],null,\n[%s]<a href=\"#\" onclick=\"javascript:AbrirArchivo('%s');\"> </a>",
$Aprocesos[$i]['Tema'], $Aprocesos[$i]['Tema'], $Liga);