Este es el formato de tu fichero:
La línea de en medio es una que tiene una longitud incorrecta porque falta un dato en medio.
Código:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 0
123456789 123456789 123456789 123456789 123456789 123456789 123456789 123456789 123456789 123456789
F------F A-------------A M------------MN------------------------------------------------------------------------------N
0420000033011201203004457 29 12546964 A010010010100001516000000000366700PORTORREAL GIL RODNER FRANCISCO MED001
0420000033011201203004457 29 12546964 A010010010100001516000000000366700PORTORREAL GIL RODNER FRANCISCO MED001
042000003301120120 12607904 A010010010100001516000000000037500PORTORREAL GIL RODNER FRANCISCO S20001
0420000033011201204000000000 12647953 A010010010100001516000000000038900QUEZADA DE CABRERA ORIA ESTHER 881201
0420000033011201204000000000 12647953 A010010010100001516000000000038900QUEZADA DE CABRERA ORIA ESTHER 881340
Aparentemente todas las líneas tienen la misma longitud.
La primera verificación, antes de procesarla deberá ser comprobar la longitud. Si no es correcta, deberas descartarla y enviar un mensaje o advertencia o lo que sea necesario hacer.
Además de esto, veo que estas desfasado 1 caracter a la izquierda con respecto al campo AUTORIZACION.