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como suponía en un principio estas intentando limpiar sobre el piso limpio cuando tienes un basural a tu costado.
Todo el proceso de traer registros y filtrarlos en tu propio programa es muy pesado y potencialmente peligroso si tus tablas tienden a crecer.
Las bases de datos ya implementan optimización en la búsqueda y filtrado de los datos y por mas que logres velocidades similares el solo hecho de no transferir datos incensarios ya implica un gran ahorro.
Como te recomendó courtois, centrate en generar una buena instrucción SQL.
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[Crandel]
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