Volviendo al tema que plantea Creus. En este otro hilo se planteo algo parecido, solo que en vez de cerrar la aplicación se desconectaba de la base de datos, pero cambiando una instrucción por otra debería servir.
http://www.clubdelphi.com/foros/showthread.php?t=783
Como ves en el hilo se presentan varias formas de hacerlo, con el evento OnIdle, interceptando los mensajes y usando hooks. Este ultimo se mostró como el mas efectivo, aunque yo he tenido problemas para utilizar el hook de ratón a nivel de aplicación. Tampoco esta mal el método de interceptar mensajes aunque ya ves que da problemas con los menús.
Si quieres te puedo pasar el código para hacer un hook a nivel global. Supongo que podríamos comprobar si es nuestra aplicación es la que esta activa. Es una idea, si los métodos anteriores no te sirven podemos intentarlo con este, pero por ahora prueba con los otros.