Hasta donde he podido observar, eclipse tiene dos formas de depurar: a través de un servidor web o invocando directamente al ejecutable php.exe. Es posible que estés usando esta última forma y que por alguna razón, no tenga cargada la extensión de mysql (¿qué versión de php usas?). En tal caso puedes agregar la extensión tú mismo, me parece, en el php.ini que use el eclipse.
Por otra parte, si depuras un archivo que tenga:
Código PHP:
<?
phpinfo();
?>
podrás ver si sí está cargando la extensión para mysql o no.
// Saludos