Hola! claro que se puede usar hibernate...no hay diferencia si la aplicacion es de escritorio o web.
Necesitas bajarte el framework de la pagina de hibernate, tambien hay mucha documentacion (en ingles) donde podes aprender como conectar a la base, crear transacciones y demas.
La Pagina es:
http://www.hibernate.org/
Es muy sencillo de utilizar, solo tenes que agregar la libreria de hibernate a tu proyecto para poder utilizarla.
Salu2!