Hola:
Pues claro que te sucede eso, lo que entiendo es que todas las clinicas están en la misma tabla (sean integrales o asociadas ).
Bueno como todo eso está en la misma tabla, tienes que hacer join a la misma tabla dos veces, (te recomiendo uses identificadores de tus tablas):
Código SQL
[-]
select paci_id, paci_nombre,
paci_idclinica, paci_clinicaasociadaid,
b.clin_descripcion AS clin_descc, c.clin_descripcion as clin_descca
from PACIENTE A, CLINICA B, CLINICA C
where paci_estatus ='A' and
B.paci_idclinica = clin_id and
C.paci_clinicaasociadaid = clin_id
y con eso debe de funcionar