A ver, MySQL
per se no corrompe datos ni es tan malo. Claro que si, en lugar de usar la configuración por defecto que usa (si no recuerdo mal MyISAM y Latin-1) usara otra (por ejemplo, InnoDB con un UTF-8 genérico bien puesto) quizá no tendría tan mala fama, porque tenerla la tiene.
Ahora bien, ...
Y esto no es problema de MySQL.