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En MySQL, instalado en un servidor unix, la base de datos como tal, o sea, los archivos, se guardan en un directorio al que sólo puede acceder el usuario mysql y root, y todo el acceso a los datos se hace através del usuario mysql, es decir, el demonio de mysql correo bajo este usuario.
La implicación de esto es que, si bien puedo tener acceso al servidor, no hay manera, como usuario regular, que pueda extraer los archivos de una base de datos.
En Windows, por lo general no nos fijamos en estas cosas, pero sospecho fuertemente que se puede hacer algo similar. Con ello se logra que los usuarios del sistemas no puedan llevarse la información a sus casas. A menos, claro está, que se lleven el disco duro, pero para eso hay otro tipo de medidas de seguridad.
// Saludos
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