Hola xangiesaurx,
por lo que entiendo, tienes dos aplicacciones independientes la una de la otra, verdad?
en este caso tendras que guardar el valor numerico o nombre del skin o en la regitry de windows o en un archivo ini.
asi cuando cambies el skin guardas el valor y cuando invoques la otra aplicaccion que lea el valor y listo
espero que sea lo que buscas