Según creo yo append abre el archivo( o lo que sea sobre lo que hagas append) al inicio y sobreescribe todo lo que haya.
Insert se va al final(ultima posicion) y empieza a escribir(según que insert sea, en lugar de irse al final lo inserta en esa posición)
Prepare no lo he usado yo en mi vida,no se que hace.
Un saludo, espero haberte ayudado aunque sea sólo un poco.
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