Las relaciones que describes definitivamente si se pueden crear y manejar con powerdesigner.
Al tratar de generar el PDM no aparece Firebird, pero si Interbase 6.x (Utiliza ODBC), eligela y puedes trabajar sin problemas (yo la he utlizado con fb 1.5 y 2.0).
en el siguiente link encontraras toda la informacion referente a esta herramienta.
http://www.sybase.com/products/model.../powerdesigner
Saludos.