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Por túnel podría referirse a un túnel SSH. Si el servidor permite acceso por SSH entonces se puede hacer un túnel donde el cliente hace las peticiones a un puerto local y el túnel las envía via SSH al puerto de mysql local en el servidor. De esta forma, para el servidor es como si la petición fuese hecha desde ahí mismo.
También recuerdo haber visto algún administrador de bases MySQL con un túnel php, que básicamente consiste de un script php en el servidor que recibe las consultas SQL desde el cliente y las manda al servidor de datos.
Para situaciones no demasiado complejas, supongo que esta opción con php no es tan complicada de llevar a cabo pero requiere trabajo para poder recibir los resultados de las consultas. Creo que alguna vez hablamos de esto. Habría que buscar el hilo.
// Saludos
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