Según la ayuda, la propiedad AutoMerge sólo es válida para aplicaciones no MDI y en aplicaciones MDI la combinación de menús se hace automáticamente.
Desconozco si hay alguna forma de evitarlo, pero puedes optar por usar un ActionManager y un ActionMainMenuBar en cada formulario. Éstos permanecen separados.
// Saludos
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