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¿Es posible que vuestro 2003 server esté actuando además como PDC de dominio y como servidor DNS, o Active Directory?
Si es así, piensa que lo más recomendado es dedicar un equipo en exclusiva a actuar como servidor de base de datos, ya sea un W2003 o un Linux. Alguno de los anteriores servicios podrían estar interfiriendo a la hora de resolver una conexión. Es posible que incluso alguna de las políticas de seguridad estén denegando la conexión o realizando ciertas comprobaciones. Mencionas que antes os conectabais sin problemas teniendo como SGDB un Firebird 1.03. Si de un día para otro las conexiones son tan lentas como narras, busca la explicación es el SO. Probablemente alguien haya modificado alguna política de seguridad.
Insisto en que conviene dedicar un equipo a actuar como servidor de base de datos. Piensa que Firebird es muy eficiente y no requiere una gran máquina (aunque en general conviene fijarse más en dedicar memoria que en tener un procesador muy potente).
Saludos.
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