hola,
Puedes intentar ajustar el peso o importancia de cada uno de los nodos en función a los nodos que apunta y lo apuntan, y a partir de hay intentar dejar mas al centro los mas importantes y en las orillas los menos importantes
En este vídeo explican un poco el funcionamiento de este método, que parece es el que utiliza google para el PAGERANK.
Yo lo he utilizado también para determinar en arboles de categorías la importancia de una determinada categoría con respecto a las otras y he obtenido buenos resultados.
Espero que te pueda servir
saludos