Si bien bajando el servicio del IIS puedes modificar actualizar una aplicacion .dll que se esta ejecutando, sin embargo en la mayoria de los casos que implementas una aplicacion Web en internet no tienes acceso a bajar el servicio. Para estos casos recurri la solucion que nos proveen el la pag.
http://www.eggcentric.com/ISAPILoader.htm
Una solucion muy simple e ingeniosa y sobre todo gratis que ayudo muchisimo en este problema
Salu2
Raul