Hola,
Puedes trabajar en las casillas con una misma variable de tipo "Array", que luego podrás "desmenuzar" en PHP, por ejemplo, contando el número de sus elementos. Es lo que se me ocurre como una posible solución para tu "problema". Juega con el siguiente código lo que quieras y bueno, ya dirás qué tal.
Código PHP:
<?php
if(isset($_POST['arraypruebas']))
{
echo '<div>El "arraypruebas" ha sido establecido</div>';
echo '<div>El número de elementos del "arraypruebas" es: '.count($_POST['arraypruebas']).'</div>';
if(isset($_POST['arraypruebas'][1]))
echo '<div>La casilla 1 estaba marcada</div>';
if(isset($_POST['arraypruebas'][2]))
echo '<div>La casilla 2 estaba marcada</div>';
if(isset($_POST['arraypruebas'][3]))
echo '<div>La casilla 3 estaba marcada</div>';
}
?>
<html>
<head>
<title>CheckBox, Arrays, HTML y PHP</title>
<style>
body { line-height: 2em; }
</style>
</head>
<body>
<form action="pruebas.php" method="post">
<div>
<input type="checkbox" name="arraypruebas[1]" id="uno" />
<label for="uno">Casilla 1</label>
<br />
<input type="checkbox" name="arraypruebas[2]" id="dos" />
<label for="dos">Casilla 2</label>
<br />
<input type="checkbox" name="arraypruebas[3]" id="tres" />
<label for="tres">Casilla 3</label>
</div>
<div>
<input type="reset" value="Limpiar" />
<input type="submit" value="Enviar" />
</div>
</form>
</body>
</html>