Buenas Casimiro,
Los usuarios no van a cambiar manualmente los permisos. Es el programa en Delphi quien debe cambiarlos.
Quizás te preguntarás si lo más fácil es lanzar un script directamente desde el servidor Linux y punto. Pero es que la empresa no dispone de informático, yo voy ocasionalmente, por lo que se hace necesario hacer el programa para poder automatizar el proceso
Espero que una imagen valga más que 1000 palabras. En ella podrás ver como es la estructura original de la carpeta cuando la copian de Windows a Linux, y como quieren que quede.
programa.png
De todo esto, lo que me falta es sólo fijar los permisos de las carpetas.
Gracias