[[duilioisola]]

No es necesario calcular el promedio cada vez que modificas una celda.
Creo que lo mejor es dividirlo en varios pasos.
Además no creo que debas utilizar el valor -9999 como indicador de nulo. Yo simplemente dejaría la celda con un 0.

Te dejo un pseudocódigo Delphi:

Código Delphi [-]
lista_val = array[344160];
lista_Can = array[100, 100];
lista_Sum = array[100, 100];


// Inicializamos listas ----------
RellenarListaValores(lista_val);
RellenarConCeros(lista_Can);
RellenarConCeros(lista_Sum);


// Acumulamos valores ------------
for i = 0 to lista_val.Count do
begin
  // Dividimos la linea leida en 3 valores
  ObtenerDatos(lista_val[i], x, y, z);
  
  // Averiguamos en qué posición debe guardar el valor
  CalcularPosicion(x, y, columna, fila);
  
  // incrementamos la cantidad de 
  lista_Can[columna, fila] := lista_Can[columna, fila] + 1;
  
  // Sumamos el valor leido
  lista_Sum[columna, fila] := lista_Sum[columna, fila] + z;
end;

  
// Calculamos promedios ----------
for Columna = 1 to 100 do
begin
  for Fila = 1 to 100 do
    if lista_Can[columna, fila] <> 0 then
       // Calculo Promedio
       lista_Sum[columna, fila] := lista_Sum[columna, fila] / lista_Can[columna, fila]
    else     
       // No hay datos y se considera nulo
       lista_Sum[columna, fila] := -9999;
end;