Hola,
Las veces que he tenido que hacer algo asi, mi procedimiento es:
1. Desconectar a todos los usuarios del sistema.
2. Cambio de nombre al archivo de la base de datos(para asegurarme que no hay nadie conectado y que no se onecte nadie mientras trabajo) y genero copia de seguridad.
3. Exporto(extraer metadata) todos los procedimientos almacenados y trigger.
4. Elimino todos los procedimientos almacenados y trigger.
5. Hago los cambios sobre las tablas.
6. Ejecuto el script que me genera nuevamente procedimientos almacenados y trigger.
7. Otra copia de seguridad.
8. Pruebo a ver si quedó como quería.
9. Restauro el nombre del archivo de base de datos.
10. Aviso a todos que ya pueden trabajar.
Saludos.