Pues no parece que el InnoSetup tenga nada que ver por sí mismo. Quizá el problema tenga que ver con el lugar donde guardas el archivo. En las versiones recientes de Windows, las aplicaciones ya no pueden escribir tan fácilmente en el directorio donde se instala el ejecutable pues se requieren permisos especiales.
Durante el desarrollo, es posible que el ejecutable esté en un directorio que sí es accesible y por ello no encuntras problemas.
Prueba cambiar el lugar donde ha de residir el archivo por un directorio público.
Edito Se me adelantó Lord Delfos. Más o menos es lo mismo que pensé yo.
// Saludos
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