con respecto a esto emilio, si tienes la sigueinte url
http://www.ejemplo.com/temas.php?tarea=ver&id=1
que seria una url en donde los valores posibles de la variable $tarea puedan ser ver, crear y editar, luego en id colocas el tema a ver o editar, la verdad es que si los indexan los buscadores, pero uno de los problemas que causa (digo de los problemas porque no se si es el único o hay mas, además me he enterado por terceros) es con el caracter "&", pues se supone que algunos robots-spiders pueden ignorarlo, mismo caso se dá con los sitemaps de google que detectan como url no válida todas aquellas que tienen este caracter. (no me meto a hablar mas del tema porque la verdad que la mayor parte de el la desconozco).
Pero con lo otro que dices:
Lo que yo le veo a esto es que no todo usuario de la aplicación web conoce de estas tecnologías y que significado tiene el que sea .php por ejemplo o este signo "?" (Yo hasta hace algun tiempo lo desconocia
) y es más facil para los usuarios de la aplicación si únicamente tenemos URLs represantando directorios (aunque estos sean ficticios) porque ellos conoceran mas de esto que de poner ?tema=3245.
Saludos.