Hola,
Yo lo único que puedo decir, Kayetano, es que usé Aptana por separado hace tiempo y el antivirus que uso no se quejó:
Antivir Personal Edicion Classic. Tampoco ahora, instalando Aptana como un Plugin de Eclipse se ha quejado en absoluto. Puede ser un "falso positivo", puede que no...
Actualizo: Como podía ser que el Antivirus no se quejase porque no hubiera empleado aún dicho archivo (aunque en la instalación pudo ya haberse detectado), acabo de pasar el Antivirus a toda la carpeta de Eclipse... sin resultados, es decir, mi antivirus no detecta nada extraño.