MySQL soporta condicionales, aunque no me queda claro a qué te refieres con hacer funcionar una query en una base MySQL.
En una consulta SQL puedes usar la función IF
Código SQL
[-]
select
if (condición boolena, resultado si es cierta, resultado si es falsa),
otros campos
from
...
También está la sentencia CASE:
Código SQL
[-]
select
case valor de un campo
when valor then resultado
when valor then resultado
when valor then resultado
...
end,
otros campos
from
...
// Saludos