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Otra alternativa que uso en los sistemas de Portales de mi empresa es tener un directorio con scripts de este estilo:
MSSQL_1_1.sql
MSSQL_1_2.sql
MSSQL_1_3.sql
y en la base de datos (o un archivo) tengo la version actual de la misma (ej: 1_1) asi que al arrancar el programa miro si hay scripts mas nuevos y luego se ejecutan, al temrinar la transaccion actualizo la version de la BD y listo.
Es muy bueno porque es solo copiar archivos y ademas se puede integrar facil con un sistema de actualizacion del estilo de windows update
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