Esta como poco clara la descripcion del problema
de todos modos puedes restar las fechas
ejm
Código SQL
[-]select empleado,fecha_final-fecha_incial as dias from tabla
si por cada dia de ausencia creas un registro podrias aserlo de esta forma
Código SQL
[-]select empleado, count(distinct fecha) from tabla group by empleado
Recuerda entre mas claro el problema mas rapido te pueden dar la solucion
