En el registro, en HKEY_CLASSES_ROOT\exefile\shell\open\command se guarda lo que hará cuando el usuario seleccione la opción "Open" del menú contextual del archivo, que es la por default o sea que al hacer doble click.
El valor por defecto, es
, vos podrías poner:
, donde recibirás como primer parámetro el nombre del exe a ejecutar y luego el resto de los parámetros.
Saludos!