Hola,
Que tu página use o no PHP no tiene nada que ver Deiv. Piensa que el "robot" de Google no entiende de PHP, sino sólo de HTML, CSS... quizá JavaScript, cualquier cosa que llegue al cliente, que, por cierto, es lo que puede ver: el "robot" de Google no deja de ser un cliente más. De modo que una cosa no puede tener que ver con la otra.
Igual has sufrido o estás sufriendo algún tipo de penalización, puesto que ambos sitios están en diferentes servidores, pero, tienen el mismo contenido. Ante esta situación acaso Google opte por indexar y mostrar uno de los sitios, puesto que pueda reconocer que su contenido está duplicado, realmente.
Por otro lado, que tú envies la URL a Google no quiere decir que ellos la vayan a indexar... supongo que sí harán, pero, nadie te lo garantiza, de modo que pensar "esta página la envié antes, luego se indexará antes", no tiene sentido desde el momento en que Google no garantiza cuándo indexará qué página.
Vamos, no sé si aclaro algo o qué.
